Pada hari Selasa tanggal 29 Juni 2021 pukul 17.29 WIB,Yunicee sedang dalam pelayarannya menuju Pelabuhan Gilimanuk dengan mengangkut 41 penumpang dan 25 unit kendaraan. Waktu itu, Yunicee sedang menjalani trip keempatnya. Saat Yunicee sedang idle 1 dan haluan mengarah ke PelabuhanPenyeberangan Gilimanuk, ombak masuk ke kapal melalui bukaan yang berada di buritan kapal.

Ketika Yunicee sedang berada kurang lebih 500 Meter dari PelabuhanPenyeberangan Gilimanuk, air laut bergelombang dan kapal mulai miring kiri sekitar 5 derajat. Yunicee kembali terkena ombak dan semakin miring hampir mendekati 10 derajat ke kiri.Dalam waktu kurang dari 5 menit, kapal terbalik ke arah kiri hingga lunas menghadapke atas dan selanjutnya tenggelam. Yunicee terbalik pada posisi terakhir 08⁰10’26.56” LS dan 114⁰25’42.18”BT.

Sekitar 15 menit kemudian kapal SMS Swakarsa dan Samudera Utama melakukan proses evakuasi terhadap penumpang dan awak kapal ke Pelabuhan Penyeberangan Gilimanuk.Pos SAR Ketapangsegera menggerakkan Rubber Inflatable Boat (RIB). Selanjutnya proses pencarian dilakukan oleh tim SAR gabungan.

KNKT menduga kuat bahwa Yunicee telah mengalami kelebihan muatan saat berangkat dari Pelabuhan Ketapang. Perhitungan ulang terhadap stabilitas kapal menunjukkan adanya permasalahan pada stabilitas kapal. Selanjutnya, air laut yang berkumpul di geladak kendaraan menyebabkan penurunan stabilitas kapal yang signifikan. Hal tersebut merupakan kontribusi paling utama yang mengakibatkan kapal terbalik dan tenggelam.

Sehubungan dengan tenggelamnya Yunicee, KNKT menerbitkan rekomendasi keselamatan kepada Direktorat Jenderal Perhubungan Darat Kementerian Perhubungan, Balai Pengelola Transportasi Darat Wilayah XI Jawa Timur, Badan Meteorologi Klimatologi dan Geofisika, PT Biro Klasifikasi Indonesia (Persero), PT ASDP Cabang Ketapang (Persero), kepada operator pelayaran PT Surya TimurLine dan Sevice Station (CV Taurus Mandiri).