Pada tanggal 1 Februari 2021, tongkang pengangkut minyak bernama Gemilang Perkasa Energi tiba dan ditambatkan ke dermaga galangan Barokah Galangan Perkasa. Sebelumnya, Gemilang Perkasa Energi tiba di area Barokah Galangan Perkasa dengan ditarik oleh kapal tunda Pesut Pendingin.

Pada tanggal 2 Februari 2021, Gemilang Perkasa Energi dinaikkan ke Slipway 1. Nakhoda dan Juru Minyak yang sebelumnya berada di Gemilang Perkasa Energi kemudian turun dari kapal. Tangki muatan Gemilang Perkasa Energi dianggap sudah kosong dari muatan.

Pada tanggal 10 Februari 2021 sekitar sore hari, Gemilang Perkasa Energi selesai proses perbaikan dok kering. Gemilang Perkasa Energi lalu diturunkan dari dok Slipway 1 dan ditambatkan di sisi kapal yang sedang tambat di tepian jetty antara Slipway 2 dan Slipway 3 bernama Elnusa Samudra 6. Berdasarkan rencana pekerjaan, pada tanggal 18/2 Gemilang Perkasa Energi akan meninggalkan galangan. Setelah Gemilang Perkasa Energi sudah tertambat, Nakhoda dan Juru Minyak yang baru naik-ke-atas-kapal.

Pada saat itu, kapal yang sedang tidak naik dok dan berada di sekitar Gemilang Perkasa Energi adalah Elnusa Samudra 6 (working barge), Grace V (LNG carrier), dan Pesut Pendingin. Seluruh awak kapal Elnusa Samudra 6 sedang turun ke darat, sedangkan awak kapal Grace V tetap bekerja di dalamnya.

Pada tanggal 11 Februari 2021, Gemilang Perkasa Energi dinyatakan oleh Barokah Galangan Perkasa telah selesai menjalani proses perbaikan. Sekitar tengah hari terjadi hujan deras. Sekitar pukul 14.00 WITA, hujan mulai reda. Para pekerja di galangan memulai kembali pekerjaan mereka.

Beberapa pekerja galangan tengah melakukan perbaikan di geladak Gemilang Perkasa Energi. Berdasarkan informasi saksi, pekerjaan yang tengah mereka lakukan adalah penggantian baut kupu-kupu (butterfly nut) yang digunakan sebagai pengunci manhole ruang muatan.

Pada saat yang sama, di salon Gemilang Perkasa Energi (juga difungsikan sebagai dapur) terdapat Nakhoda dan Juru Minyak Gemilang Perkasa Energi serta Kepala Kamar Mesin (KKM) Pesut Pendingin, dan seorang pekerja galangan. Mereka sedang membuat mi instan dan kopi.

Sekitar pukul 14.45 WITA terdengar ledakan pertama. Sumber ledakan diketahui berada di area tangki muatan Gemilang Perkasa Energi. Beberapa detik kemudian, menyusul ledakan berikutnya dengan suara lebih keras. Nakhoda Gemilang Perkasa Energi, KKM Pesut Pendingin, dan seorang pekerja galangan segera keluar melalui pintu kanan, lalu menuju buritan Gemilang Perkasa Energi dan langsung melompat ke Sungai Mahakam Sementara itu, Juru Minyak Gemilang Perkasa Energi turun melalui Elnusa Samudra 6.

Juru Minyak Gemilang Perkasa Energi sempat terjatuh ketika berlari melewati kawat sling yang ada di Elnusa Samudra 6. Sementara itu, Nakhoda Gemilang Perkasa Energi mengalami pingsan setelah berupaya berenang di Sungai Mahakam.