Pada hari Kamis tanggal 9 Januari 2020, pukul 07.55, kapal motor El No.2 berangkat dari Pelabuhan Sunda Kelapa dengan tujuan ke Pontianak. Cuaca di perairan Teluk Jakarta dalam keadaan hujan dalam periode musim barat. Setelah lepas dari perairan Teluk Jakarta kapal berlayar dengan haluan 015° dengan kecepatan rata-rata sekitar 5 knot.

Pada hari Jumat tanggal 10 Januari 2020, sekitar pukul 07.30, posisi EL No.2 berada di bagian utara Laut Jawa sekitar 68 mil laut dari Pulau Seliu. KKM bersama dan Masinis dua mendapati pipa air laut pendingin yang masuk ke stern tube mengalami kebocoran. Nakhoda menghentikan mesin kapal untuk sementara sambil dilakukan pekerjaan penggantian pipa. Sekitar pukul 22.00, pekerjaan penggantian pipa selesai. Setelah dilakukan pengetesan dan pipa baru berfungsi baik kemudian kapal melanjutkan pelayarannya.

Nakhoda mengarahkan kapal ke Selat Mendanau untuk berlindung dari cuaca. Nakhoda bermaksud melabuhkan kapal sementara waktu di sisi timur Pulau Sebongkok yang lokasinya terlindung. Mualim satu yang ditugaskan untuk berlabuh jangkar ketika berjalan ke haluan melihat geladak depan tergenang air dan haluan terlihat hampir sejajar dengan permukaan laut. Nakhoda menyalakan lampu penerangan geladak dan melihat keadaan yang terjadi.

Kondisi haluan EL No.2 semakin condong ke depan karena penggenangan yang terjadi di ruang penyimpanan rantai jangkar dan kemudian menyebar ke dalam tangki ceruk haluan dan tangki air balas nomor 1. Nakhoda menginstruksikan untuk meninggalkan kapal karena air laut naik semakin tinggi di geladak dan kapal semakin terbenam dengan perlahan-lahan. Seluruh awak kapal yang berjumlah 14 personil turun ke dalam rakit penolong. Awak kapal berhasil melakukan kontak radio dan meminta pertolongan dengan kapal yang sedang melintas. Kapal Tetap Jaya berhasil mengevakuasi seluruh awak kapal EL No.2 dan kemudian melanjutkan pelayarannya ke Tanjungpandan.

Penggenangan terjadi karena air laut masuk ke dalam ruang penyimpanan rantai jangkar melalui lubang pipa koneksi rantai jangkar yang terbuka. Air laut kemudian mengalir ke tangki-tangki yang berada di sebelah depan dan bawah karena kemungkinan kondisi pelat yang sudah tidak kedap. Tidak diterapkannya sistem manajemen keselamatan menjadi faktor yang berkontribusi atas kecelakaan pelayaran EL No.2.